在申公元初任临汾市公安局长的１９９４年，只有６７万人口的临汾市，就盘踞着八大带有黑社会性质的流氓团伙，网罗的社会渣滓就达３００余人。这些家伙拥持武器、欺压良善、动辄伤人，不仅在光天化日之下，动用三四十杆火枪，在街头火并对打达４０分钟之久，还在临汾市建筑、娱乐两大行业大肆勒索所谓“保护费”。
人人皆知、人见人怕的黑社会流氓团伙，在临汾横行了１０年为啥铲不掉？申公元在上任后经明查暗访发现：流氓团伙首脑大都披着合法外衣，不易觉察，其喽罗所犯罪行大多是轻罪，难以重判，最关键在于：有相当一部分民警认为从警一吃财政，工资不愁；二穿警服，无人敢欺；三有特权，容易捞钱。这种带有普遍性的、以自身利益为本的、自私的从警目的，使其即使身着警服，身佩武器，对人民的安危仍漠然置之，于是亦令犯罪分子的气焰日益嚣张。
临汾的黑社会当时有多猖獗？一份历史资料这样写到：
当时临汾有两个市长，一个是白道市长，一个是黑道市长，即黑社会组织的龙头大哥安小根。这位“安市长”不管在临汾的哪一个歌舞厅里出现，老板都要出门迎接，歌手要专门献歌献艺，所到之处，群呼“万岁”。有人因听别人呼他为“市长”，出于好奇多看了他一眼，竟惨遭杀身之祸，杀人者却逍遥法外。
1994-1996年，临汾公安在申公元、段波等人指挥下，发动了“打黑”行动，一举端掉“黑市长”安小根、“独眼龙”买青虎、“老狐狸”吴临斌、“河西二马”、王秋虎、高嵩等8大黑社会团伙，共抓捕黑社会首脑、骨干、喽啰达400余人，4名黑社会首脑被判处死刑，3名被判死缓，1名被判无期。
在那些日子里，申公元等人承受着空前的压力，说情、恐吓轮番上阵。《山西日报》一熟悉申公元的记者说，“申把家中的照壁加宽加高，里面加了钢筋，因为怕人放冷枪、扔炸药包。”
和当年抓获悍匪张君的文强一样，“打黑”让申公元、段波等人一战成名。
此后，申公元屡获殊荣，“全国五一劳动奖章”、“全国职工职业道德十佳标兵”、“全国特级优秀人民警察”，“全国公安保卫战线英雄模范”等荣誉纷至沓来。
段波则获得“全省公安系统百名功臣”、“全国优秀人民警察”称号、“中国百名优秀青年卫士”称号、山西省十大杰出青年、“五一”劳动奖章，一度成为山西政法战线一面旗帜。
申公元后升任临汾行署公安处长、临汾(地级)市公安局局长。段波则复制了申的升迁之路，从临汾(县级)市公安局长、到临汾(地级)市公安局副局长、运城市公安局长。
2002年，申公元调任大同市公安局长；而此前，其一些行为已见端倪。
一熟知申公元的临汾干警说，申豪爽大方、很讲义气，“但是对所谓自己人却是毫无原则，喜欢护犊子。”
临汾市一公安干警告知，当时太原公安局长空缺，申和太原杏花岭公安分局局长邵建伟都紧盯这一位置。邵建伟给山西省委常委、太原市委书记侯伍杰行贿，后东窗事发，邵、侯二人均落马。
而申公元则平调到大同。不过，大同市是山西省仅次于太原的第二大城市，1984年被国务院批准为全国十三个较大城市之一，是全国最重要的能源重化工基地。
蹊跷的是，申公元的命运从此开始反转。
2003年，大同公安局强行给各大煤矿配发两条警犬、收费3万元的事情被媒体曝光；随后，大同交警纷纷上路拦煤车罚款的消息屡见报端；城区治安开始恶化，2004年秋，大同一民警居然参与绑架当地一位亿万富翁的儿子……
2005年12月，大同市人大常委会对“市人民政府社会治安情况专题工作报告”进行满意度表决，该报告未获通过——这在山西历史上绝无仅有。
真正的高潮爆发在2006年和2007年之交。
2006年12月10日，大同城区“特莱维”护肤中心发生一起强奸伤害案。110在报警后数小时不见踪迹，导致疑犯从容脱逃，媒体曝光后全国哗然；
2007年1月10日，《中国贸易报》山西记者站聘用人员兰成长在大同浑源县一黑煤矿采访时，被矿上人员打死；
2007年1月15日，大同城区龙港苑小区15号楼发生爆炸，5人死亡，6人受伤；
2007年1月29日，大同市南郊交警大队副教导员宋建忠花费20万元，却买官不成，后忿然锤杀了拒不退款的大同市公安局政治部主任李慧敏，并致3人受伤。
上述四起皆是“公安部督办大案”，从中折射出当地警务管理混乱、民爆物品失控、涉矿的黑社会猖獗、公安内部卖官成风……四件大事，让大同公安系统颜面尽失。
随后，申公元黯然离职，从此隐居北京，淡出山西政界。
