几次延期之后，中国-世卫组织新型冠状病毒溯源联合研究报告于当地时间3月30日在日内瓦发布。这份报告认为，新冠病毒最有可能的传播路径是病毒经由中间宿主传染给了人类，但病毒的起源仍未明确。
这份报告是非常重要的开端，而不是结束。在当日对世卫组织会员国的讲话中，世卫组织总干事谭德赛表示，“我们还没有找到病毒来源”。
该研究报告由中国-世界卫生组织新冠病毒溯源研究联合专家组撰写完成。专家组由17名中方专家和17名外国专家组成，外国专家团队于2021年1月14日抵达武汉，与中国专家一起开展了为期四周的调查研究，直到2月10日离开。
联合研究中方专家组组长梁万年在3月31日新闻发布会上称，联合研究在蝙蝠和穿山甲中发现了与新冠病毒基因序列具有高度相似性的冠状病毒，但相似度尚不足以使其成为新冠病毒的直接祖先，水貂和猫等动物对新冠病毒高度易感，提示蝙蝠、穿山甲、猫科动物以及其他的物种，都可能是新冠病毒潜在的自然宿主。
梁万年分析，在4个可能引入的途径中，通过中间宿主引入被视为一种从比较可能到非常可能的途径，是4个可能引入途径中可能性最高的，通过实验室引入被视为极不可能的途径。
华南海鲜市场不是疫情暴发的起源
2020年8月，世界卫生组织在全球范围内招募专家参加与中国专家联合展开的新冠病毒溯源的研究。
这个研究团队包括流行病学家、数据科学家、实验室专家、食品安全专家、兽医流行病学家、动物卫生专家。他们来自美国、澳大利亚、德国、日本、丹麦、英国、俄罗斯、荷兰、卡塔尔和越南10个国家。外方专家团队还包括了来自世界卫生组织、世界动物卫生组织的专家以及粮农组织的观察员。联合研究团队分成了3个工作小组：流行病学组、分子流行病学和生物信息学组以及动物与环境小组。
这份研究报告是从流行病学、分子流行病学、动物与环境研究三个方面呈现了研究的主要发现，并对病毒起源的可能路径进行了分析。
通过2019年底武汉和周边地区对呼吸道疾病发病率的监测数据，流行病学组评估了发现早期病例的可能性，认为没有证据显示在疫情暴发之前，当地的呼吸道疾病发病率受新冠病毒影响。
流行病学溯源的结果还表明，武汉早期病例很多与华南海鲜市场相关，但也有很多病例与其他市场有关，一些病例则不与任何市场相关。
新冠病毒在更大社区内的传播，可以解释为何一些病例不与华南市场有关联，加之不与华南市场相关的早期病例，这表明华南海鲜市场不是疫情暴发的起源，但报告对华南市场的角色尚未有定论。
分子流行病学溯源部分指出新冠病毒的起源仍然待定。分子溯源工作组对从动物身上采集病毒的基因组数据进行了分析。新冠病毒被认为起源于动物，基因组分析显示蝙蝠可能是病毒来源，穿山甲体内也发现了与新冠病毒最相近的冠状病毒，但病毒如何从自然宿主传播到人类的路径尚不明确。尽管病毒首先在武汉被发现，但目前仍不确定第一起病例起源何处。
西班牙、意大利、美国、巴西和法国的一些研究表明，新冠病毒可能在2019年12月之前就已经出现。
报告认为，这些不同国家的研究表明新冠病毒可能在最初被发现的好几周之前就开始传播，一些阳性样本的出现早于在武汉出现的首个病例。报告同时指出，这些研究尚未得到证实，它们所采取的方法也没有标准化，血清化验可能因非特异性信号受到影响，但报告认为对这些潜在的早期事件进行调查是重要的。
报告关于动物与环境的溯源部分指出，尽管对华南市场的环境取样显示新冠病毒的环境污染广泛存在，但对该市场动物产品的大规模检测未发现阳性样本，对中国31个省份大量家畜家禽、野生动物采样监测均未发现新冠病毒，没有找到疫情发生前后有新冠病毒在家畜家禽、野生动物中循环的证据。
报告因此建议，通过国际合作机制在世界范围内展开新冠病毒溯源，同时继续对中国和东南亚的蝙蝠和穿山甲进行进一步研究调查。对于病毒通过中间宿主传播的路径研究则需要进一步追溯华南市场和武汉其他市场的野生动物供应农场。
新冠病毒从实验室泄露极不可能
报告的最后部分对新冠病毒起源的四种假设进行了分析，病毒直接从原始动物宿主传染给了人类；病毒通过中间宿主引入人类；病毒通过冷链产品传播造成人类的感染；病毒从实验室泄露。
研究报告对四种假设的可能性进行了排序。最有可能的一种假设是病毒经其他一种动物传染给人类，其次是病毒直接从动物传染给了人类，经过冷链产品传播给人类的假设存在可能，但可能性不高。
支持第一种假设的意见认为，大部分人类感染的冠状病毒都起源于动物；研究人员在中国、日本、泰国和柬埔寨发现一些蝙蝠体内带有与新冠病毒高度基因相似的病毒；貂对新冠病毒具有高度易感性，无法排除其作为新冠病毒主要来源的可能。
但反对意见则认为，尽管与新冠病毒具有最密切基因关系的是蝙蝠携带的病毒，但研究显示这两种病毒之间仍需要数十年的进化空间，而且人类与蝙蝠或者穿山甲的接触并不如人类与家畜或者驯养的野生动物那么频繁。
支持第二种假设的证据在于新冠病毒与蝙蝠携带的病毒之间仍然存在缺失的连接，进化距离大约有数十年；在穿山甲体内也发现了类似的病毒，但这种跨物种传播仍存在巨大的基因距离；对新冠病毒易感的动物包括了在充分密度下驯养的动物，这允许了潜在的病毒传播。但一种反对意见认为，尽管越来越多的动物身上发现了新冠病毒，但基因和流行病学研究表明它们是由人类传染给动物，而不是从其他动物那里感染。
通过冷链食品传播的可能性仍然与动物传播有关，但更强调起源是通过作为食品的动物或者冷链产品传播，这包括在华南市场常见的冷冻食品；支持这一假设的观点还包括，在新冠病毒几乎从中国消失之后，局部疫情暴发与进口冷冻食品相关。但反对意见认为目前没有决定性的证据表明新冠病毒是通过食品传播；大部分病毒是在2020年被发现的，它们的浓度较低，没有通过冷链产品放大。
由实验室事故引入病毒的假设，被专家团队认为极其不可能。这一说法曾在美国前任总统特朗普任期内被美方官员反复提及。
支持这一假设的观点认为尽管实验室事故很少见，但的确存在；人类在生物安全有限、实验室管理不当或者疏忽的情况下被感染。
反对这一假设的观点认为，在武汉三家涉及新冠病毒诊断和疫苗研发的实验室具有高质量的生物安全水平设施且管理完善；在2019年之前，没有任何实验室记录了与新冠病毒接近的病毒；没有证据表明新冠病毒在2019年12月之前就已在全球范围内在人群中传播，因此意外在实验室培养新冠病毒的可能性极低。
在该报告发布后，美国和其他13个国家联合发布声明，对国际专家的研究缺乏完整、原始的数据和样本表示忧虑。
美国外交关系委员会前全球卫生高级研究员劳里· 加勒特对批评研究团队未能充分接触到数据的声音感到困惑。她指出，事实上报告提供了很多此前未公开的新数据，其中包括武汉各医院的4500个病例，从2016年至2019年12月武汉和湖北省的死亡数据、武汉市76253份呼吸道疾病病例记录、31个中国省份8万多份动物和野生动物样本等。
联合专家组外方组长、世卫组织食品安全专家彼得·本·安巴雷克在当地时间30日举行的发布会上表示，他们从未被施压要求去掉报告中的批评成分。他同时表示因隐私造成一些数据分享困难的问题在很多国家也存在，他们已经将获得全面原始数据作为进一步研究的建议。
查明一种病毒的来源通常需要很长时间。对埃博拉病毒溯源的研究进行了40多年，但科学家至今未确认究竟是哪种类型的蝙蝠传播了这一病毒。
“找到病毒的来源需要时间，但这也是我们对于全世界的责任，只有找到病毒的起源，才能采取共同的措施，降低此类事件再次发生的风险。仅仅靠一次实地调研无法提供所有的答案。显然，我们需要在一系列领域开展更多研究，其中也包括进行进一步的实地考察。”谭德赛说。
