目前的工作实践来看，虽然全国大多数商会党建在自身建设、党员教育管理、 发挥统战工作的抓手作用等方面取得了一些成绩，但总体仍处于探索阶段，推动党建和统战工作向商会组织同时“双覆盖”，还有不少需要引起关注和亟待解决的困难与问题。
一、 基层党委对党建工作重视程度较低
一些基层党委对在商会中开展党建工作的作用、意义认识模糊，存在着“重经济、轻党建”现象，有的人甚至认为商会是民间性组织。也有一些地方党委在抓商会党建时，怕企业家误解而影响发展经济的积极性，因而商会党建工作没有列入当地议事日程。在政策层面，商会作为快速发展的新经济组织，相关部门对当地商会党建工作缺乏调查研究和长远考量，多数地方没有出台具体指导意见。商会党建工作总体滞后于商会发展，加上宣传发动工作不到位，一些商会领导、商会会员对党建工作缺乏认识，因此出现了商会党组织组建难、总体覆盖率还不高的现象。
二、责任主体不明，党建基础不牢固
（1）商会组织的隶属关系不清。其主要分三种情况:一是多重领导，商会治理在涉及到人事、业务、资产等方面时往往要受到其他上级部门制约，而工商联反而没有话语权;二是“一方隶属，多重管理”，这是直接针对党员的跨部门管理办法，非建制性较强，往往在工商联党委指导下开展的党务工作中显现矛盾:三是“无”领导部门，指商会所隶属的部门只是名义上的，而非实际的。
(2)商会党员干部多身兼数职。调查发现，商会党组织的书记和党务人员基本上是兼职的，参与党务工作精力、时间相对被剥夺。缺乏必要的党建理论素养，也缺乏必要的党建理论培训，对党的建设理论和党的民营经济发展的方针政策均不够熟悉。在加强商会党建工作，宣传贯彻党关于推动民营经济发展的方针政策等方面均存在“本领恐慌”的现象，影响了商会党建工作的创新发展。
三、党建活动创新不足
很多商会的党组织负责人对党的基本知识、党务知识、组织活动程序学习不深入,工作经验不够,业务能力不强。这就造成商会的党组织活动无规律、随意性大,党建工作的基本活动难以落实,党的建设任务不能得到有效保证。一些商会党组织在工作中往往“一刀切”,沿用传统的行政事业单位的党员管理方式,活动创新不足、活动载体不丰富、活动内容缺乏吸引力,找不到党的工作在商会工作中的切入点和结合点。
四、党建管理机制有待完善
目前我国的商会党建制度化水平较低，党员干部的选拔、培训、任用制度，党员教育管理制度，评估考核制度等基础性党建制度不完善，可操作性差。具体到对某项制度的有效性考察时，缺乏实践验证。
