北京文津街3号从1950年到1966年是中国科学院的院部所在，而北京饭店则是中科院学部成立大会（1955）和第二次学部委员大会（1957）的会场，因而在会议期间被一些学部委员视为代表学部或学部大会。1957年5月下旬第2次学部委员大会，院领导遵照党中央的部署，发动与会专家多提意见。会议的气氛特别热烈，不少专家就学部的定位、中科院体制、中科院与高校等其他科研系统的关系等问题提出了一系列的意见。这些意见大都发表在《人民日报》、《光明日报》等重要报刊上，现在已成为我们了解当时科技界状况的一手资料。这里仅就讨论的焦点问题之一，即如何处理中科院的行政领导与学术领导的关系（可称之为文津街3号与北京饭店之争），以及科研管理等问题的讨论，作一些简单的介绍。其中的一些讨论，至今仍有一定的现实意义。
他批评科学院阶层森严，以“长”为贵，不以研究人员才力为尊。他说：”现在科学院中不但最高科学行政领导，就是各所内若干所长副所长也是因为多年不做研究工作，甚而至于多年不能阅读各国的科学报告。我深恐他们鉴于院内甚多以资格或社会活动求得名位，并非以才力及研究成绩而受尊崇，同时院中也不要求做研究工作，于是便安于‘长’的位置，可希逐渐增高资格，一方面也乐于社会活动，借以求名。这种现象和风气如果长期存在的话，我们如何能有希望提高科学水平，如何能向科学进军！”他提出：“万勿以‘长’为尊，必须以研究成绩为重，勿以老资格而应以才力为贵。最好恢复从前的条例，即以研究员为主体，研究员才可兼所长或院长。切实减少科学家的社会政治活动（二）切实保证每年固定的研究时间，并减轻或解除行政职务（包括学术性的行政职务在内）的负担
关于科研领导体制
著名植物生理学家汤佩松（1903-2001）在生物学部的会议上放炮最响，他针对科学院的体制问题发表意见说：“科学院分成了两部分，一部分人在专门搞‘科学’，而另一部分人则在‘办院’。办院的人辛辛苦苦，关着门搞，搞得机构重叠，形成了墙。这些人在领导谁呢？不仅不能领导全国，恐怕院内各所也未领导好。另一种领导需要拿出工作，来让人家看齐，而不是发号施令。这种领导不在文津街3号，而在这儿——全体学部委员。我希望有人在大会发言时提醒一下文津街3号的先生们，领导全国的科学院不在文津街，而在北京饭店——学部大会。……领导科学不要做行政领导，而是要每年召开一次学部委员会，由院长做一个报告，向全国人民指出全世界的科学水平，我国的科学水平和急需要发展的学科，这就是中国科学院的任务。做过这个报告的院长，应当是由大家推举出的，真正做研究工作的人，而不是空喊口号的人。”
(当年《光明日报》关于学术领导问题争议的报道)
著名的实验生物学家朱洗（1900-1962）也对领导体制和管理问题提了些意见，他说：“领导不是内行，不能顺利地进行工作。科学院要不是在过去中研、北研的基础上继承下来，现在也不知道会闹成什么样子。”
植物生理所所长罗宗洛（1898-1978）也对领导体制有意见，他说：“院务常务会议是傀儡，学部是装饰品，去年报载成立北京植物生理研究室，问竺可桢、童第周、贝时璋等，都不知道。”
医学家吴英恺（1910-2003）建议加强学部委员等专家的权力，他指出：“以解放初期民主党派参加国家大事的姿态来参加科学领导活动，是不够的。学部委员的权力要加大，要起监督与推动作用。”
地质学家张文佑（1909-1985）说：“院务会议局长参加，所长不参加，院与所的情况怎么能联系起来？”
1955年回国的化冶所副研杨纪珂（1921-2015）说：“做官的人以为科学的发展必须在会议中产生。我们认为必须在实验室中做。现在官风压到了学风。……秘书长很多是党员，各所还有副所长，把科学家像牛一样牵了鼻子走，用意是帮助科学家，到底帮助没有？我不知道。”
沈阳金属所所长李薰（1913-1983）说：“科学院是外行领导内行，任务与能力矛盾。科学院有宗派主义，为了加强领导，就加人，但量不能胜质。秘书长有很多个，做太上局长。官僚主义，忙于开会，不做实际工作。”
哲学所副所长金岳霖（1895-1984）建议：“（1）学部大会应在院部之上，好像人代大会，院部是经常办事机构。（2）院部要加强各学部，其他各局厅合并成一个总办公室即可。（3）学部常委应选举轮流担任，两年一次，当选者脱产，以免挂名不做事。”
中国科学院第二次学部委员大会现场
著名化学家黄鸣龙（1898-1979）主张由研究员轮流出任院长和所长。他批评科学院阶层森严，以“长”为贵，不以研究人员才力为尊。他说：”现在科学院中不但最高科学行政领导，就是各所内若干所长副所长也是因为多年不做研究工作，甚而至于多年不能阅读各国的科学报告。我深恐他们鉴于院内甚多以资格或社会活动求得名位，并非以才力及研究成绩而受尊崇，同时院中也不要求做研究工作，于是便安于‘长’的位置，可希逐渐增高资格，一方面也乐于社会活动，借以求名。这种现象和风气如果长期存在的话，我们如何能有希望提高科学水平，如何能向科学进军！”他提出：“万勿以‘长’为尊，必须以研究成绩为重，勿以老资格而应以才力为贵。最好恢复从前的条例，即以研究员为主体，研究员才可兼所长或院长。最好照从前德国各大学的办法（现在各地如何不得而知），即大学中以教授为尊，至若校长是各教授轮流兼任的，任期三年。”
关于科研管理
朱洗指出：“院内有一套庞大的行政机构，忙乱得很，但做的工作不多，形成文牍主义与官僚主义，而下面也穷于应付。只要一个人在诚心诚意地为科学服务，则领导不检查也无关系。现在的情况是领导上相信科学家不够。院应该相信所，所相信工作组，工作组相信每一个工作同志。……行政人员可大大减少，人多了反而更乱。”
著名语言学家吕叔湘（1904-1998）认为科学院需要“精兵简政”，他说：“这几年来，科学工作者中间有一个普遍的感觉：时间不够用。时间哪里去了？……很忙，但是忙不出一个名堂。老是在围绕研究工作打转，可没有足够的时间用在研究工作本身上。为什么呢？工作开始之前有一套：计划，布置，推动。工作了不久之后又有一套：检查，总结，汇报。接着又要重计划，重布置，如是周而复始。总结有年度总结，半年总结，过去还有季度总结。汇报，在不久之前，学术秘书处要每月汇报，学部要半月汇报，有时候还要到院务常委会议去做大汇报。检查，除了为总结作准备的检查外，每来一个重要的学习或是运动，也都要结合着检查工作。……就因为形式主义地进行这些工作，就形成了开会多，填表多，写文件多，繁文缛节占去了不少应该用在研究工作上的时间，并且打乱了研究工作所必需的稳定的进程。……总之，科学院机构庞大，人员多，花样多，可是效率不高。……这次学部会议上要讨论科学院的体制问题，是不是可以从“精兵简政”这方面着想，做到（1）机构灵活，（2）人地相宜，（3）明确责任，（4）减少繁文缛节。要是能根据这几条原则办事，我相信科学院工作效率是能大大提高的。”
黄鸣龙也认为，党和政府对科学院十分信任，但“院里仍不免教条主义和官僚主义，致使科学家费去无数的宝贵时间参加不可实行的会议，做了无数的不能照做不能准确的计划（因为时间、人员、工具、经费都不能掌握）”。他举例说：“去年院中竟限令我们几天内完成十二年科学计划草案（到后来才由国务院延长几个月），我当时即大声疾呼不可如此马虎行事，但院中置若罔闻。”他指出：“种种偏差出之于不懂科学的干部尚可原谅，但是出之于有职有权的极易向党政建议及纠正偏差的曾走上过科学路线的自然科学行政领导人员，实在令人难解，是不是明知故眜一意迎合我不敢断言，不过我想我总可以拿此来相劝勉。假如觉得我的建议和批评有不合理和太主观的地方，请勿视为恶意或认为牢骚。”
此次会议上，体制问题一时难以解决，但对大家都深有同感的保障科研时间问题，在此次大会的第二次全体会议，通过了千家驹（1909-2002）等27位学部委员提出的一项提请院部采取具体措施以保证学部委员及其他高级研究人员有充分时间进行科学研究的提案，并同意将该提案送请国务院研究办理。该提案建议院部与有关部门协商，采取适当措施，建立必要的制度，以保证每一学部委员及其他高级研究人员均有充分时间从事研究工作。其中提出的办法包括：
（一）与统战部及其他有关方面协商，切实减少科学家的社会政治活动。具体办法是：
（1）人民代表或政协委员，不论全国的或地方的，每人总共至多担任一职；
（2）外宾招待工作，每人以一个方面的对象为限，应坚决改变过去将此项工作集中于少数人的情况，赴车站、飞机场迎送外宾，应尽量减少派科学家前去；
（3）对于科学家，应尽量减少他们不必要的集会，有些大报告（如布置某项运动的动员大会，人代、政协会议的传达报告会等）可用书面文件代替者，即分发文件，而不必举行大会；
（4）经常性社会活动的集会，应严格规定在每周的一定日期举行；
（5）临时性的集会，在通知上应写明会议内容，科学家认为没有十分必要参加的，或已参加过类似性质会议的，可以不参加；
（6）开会及做大报告时间应予严格限制，开会一般最多以三小时为限，做大报告以二小时为限；那种内容贫乏、空话连篇或背诵文件的报告，听众有随时退席的自由；
（7）对于60岁以上的老科学家，最好解除其一切行政职务，让他们利用自己仅有的十年二十年写出他们所知道的东西。
（二）切实保证每年固定的研究时间，并减轻或解除行政职务（包括学术性的行政职务在内）的负担，其办法如下：
（1）每一学部委员或其他担任行政职务的高级研究人员，每年至少应有六个月连续研究的时间或上下半年各有三个月连续研究的时间，在此期间，他们应被允许不参加其他任何社会政治活动（可向有关方面请假）；
（2）科学研究机关、高等学校或国家机关的行政职务，在正副主管人员间，应采取轮流负责制，以保证在每年的固定研究时间内专心从事研究工作；
（3）应该建立工作五年休假进修一年的制度；
（4）对在高等学校担任教学的学部委员，应避免使他们负担过多过重的教学任务和指导研究生的任务，以保证他们有必要的研究时间。
专家们的意见很多，有的非常尖锐，这里就不多摘抄了。从他们的意见看，中科院建立不久，在领导体制和科研管理方面的问题就已相当突出。本来建立学部是要发挥专家的学术领导作用，但由于那时从上到下执行知识分子政策都比较左，对科学家并不放心，学部的性质和定位因此难以明确，没有从体制上解决好行政领导与学术领导的关系。实际上这些问题也引起了院党组的高度关注，曾期望通过制订院章加以明确和解决。但一个多月后就转入了反右运动，学部大会上的许多意见遭到严厉的批判。尽管由于院党组有意保护科学家过关，绝大多数专家没有因为这些意见被打成右派，但他们反映的问题也不再受到重视。在后来的半个多世纪里，一些根本性的问题再也没有触及过，致使有的问题甚至延续至今。
当然，关于我国学术治理体制的问题，在当时和如今都不是科学院一家的争议，事实上，这一问题在某些系统更为突出，但身处其中的科学家们却鲜有表达意见的机会。第二次学部委员大会过去60年了，但在协调行政系统与学术系统的关系、克服学术行政化和改革科研管理方面，我国科技界和学术界还面临着十分艰巨的任务。在当今全面深化改革的新形势下，重温这些前辈专家学者发自肺腑的谏言，仍有振聋发聩之感，值得人们深思。
